SelenoDB
Release 2.0
Chart Advanced
Promoter Report for SPR00000616_2.0
Identity
PromoterSelenocysteine synthase (SecS)
SpeciesCiona intestinalis (Sea Squirt)
Promoter IDSPR00000616
Promoter release2.0
External IDNone
Transcript SPT00000551_2.0
Annotation
Prediction method(s)
Promoter prediction (5000bp upstream, N/A) [Report annotation error]
OrientationReverse
Structure gene structure

FeatureCol PromoterCol Coding exonCol Non coding exon (UTR)Col IntronCol SECIS
ResidueCol SecCol Cys or Other

ToolboxForward   Reverse    
Sequence
>SPR00000616_2.0 # Promoter # Selenocysteine synthase (SecS) # Sea Squirt (Ciona intestinalis) Full length # Reverse
TTGCGTAAAAATGACACAGAAATTGCAAGTCACTTTACATTTACAACATAACACAGTTTT
GTATACAAATTTTATTTCCCGCGGTTCAACAGTTGTTTCGGCAAAACTGAGCGAAAAGAC
TCTAATTGTTTTGGGGGTAAATTTATTACATCTGTTTACCAAATAAAATGCACTAATCAA
ACAAAGGAATCCTTTGAAACAAATATAAAAATACTTCTAAAATGCTGCAATGGTTTATTT
AGTTCGATGTTTTAGAATTCACAACAAATATTGTTTCAAATGATAAAAGTTCGAAAGATC
GTGGTCACATAAAAAAAAAATTGACAAGTGGACAAAAAAGTACAGAAGTATGAAATGTTT
TTTTTCCAGCAACATGATACAGCTATACAAGTGGTGAACTGTCCTAAAACAAAATAGAAT
AGTTATTTTAAATGACACTTCTATATAGCTTCACAATAGCTATAAATAAGACTGTCGGGT
TATCATGCAAGTATGGTTAAACACCATACACCAGACATAAATTTTATAAATATAACTGGT
ATGATTACTGTTGAGCTATAACAAGAGTGTCTAGGGTCTGGATTTATACAGACATATGAT
ATATTTTGCATACAAACACTTCATGTTGCTAACTAAATTTTAAATTATCTGCTTACGTAA
ATAGGCTCTGATTTCAATGAAAAACGTGGAATGAGTAAAAAGTAAAAACAAAACACAATG
TATATCTTACGACTAAAAAAGTCGAAACATGCTGTTAACGCGAAAGTGTTTTAAACGAAT
ACATACATGGCATGCATATAAGCATGTGTGAAACTAAAACCAATTGTGCTAAGTTTATGA
ACAAAGAATTTAAATTTATAAAAGAATGACTTAAGTCATGTTAGGTATCTTCACACATAT
TGGTGCTTATCATTGGGACCAAATTACTTGTAGATTCACGTGGAAAAGTGACTCTAGTTG
TTGCCTATAAATTCACAATAACCACATGACAAAACTAAGTAACTAACCAAATGCAATTGT
TATTTACTATTAGTATTACGATACACTAAATGGTTCTCACTGTTAACTAAATGAATGTAA
GTTATTCTTCTTATTGTGGTAGAACAATGACAGTCGTCATACCACATAGGTTCTATTTCA
TACACCTCATACCCACCTATAAGCTACCACATATGTAAATAGGATTTTTATACTTACCGC
GTTTTGTACAATATGTTCATGGTTGTTTTTCTTTACAGCTCCTGTTAAGGATTAAAAACA
CTTTATTAAAATATTGTAATGTGATTATGGCTTCTATTAAAATGTATAGTTCTACAGTGA
GCAAACCTAAACATGCATTTAAGCAAGACAGAGCATTCGTAGGTTACATAATGCAGACTG
TGAATAGTTTATGGAAAAACTTTCATCAAGCTGATCTTTAGGTTATAACATAACAGAGTA
TATTATTTGGCATATACGTTGTTACAGTTTGATGGTTGCAGACTGCAAACTTATACTGCA
TTGTGACAAAATAAGACAAGTTTACCTGCAGAAGGTGTATGTTTGTTGTAGACTGTCATT
ACTTCTGTTTGCTTTTCTCGTTGTTCCTTTTTTATCTCCATATCCTATTAAAATTGTATG
AGCTTTTTTTCTTTACAAGATAAATAAACACATGGCAAAATGTTAAAGTATGAACAACTT
TAATATTATATAACAGAAGTGGTTTGAACTACCAAGATAAAATACCATAGTAGTATTGCA
GCATATATATATATATAGTATACATGGCCTTTTTAAAAAAGATCTGCAAATGGTGGTTTA
CGTGAAAGTCCACGCGCATAATGACACAGATGATATTTCACGCATTTATATATGAGAAAT
TTTGTTGTCATGTAATGTCTAGTATGACATCACAAACCTCGTACGTTGTCGTCGAGCAGT
TAGATGCGCATGAGTAACCAGAGTGTGCTGTAGTCGCAAATAACTGGAGAAGTGCCAACA
CAGTTAATGTAATGTGGAGTCGGTAGCCATGCACCTAGTGTTTAATACAGGTTTTTAATA
GGTGCCTATACTGGTCAGTTACAACACTGTTTTCTTATACACCAAACAAACATGGTGTAT
TCATACACCTCATGCTTACTGTCCAATTATAGTATGGGTGTCTTCCTATACACCATAAAC
CCATGTGTAATCACACTTTATTCCGACCAAGTTATCAATAAAATGAGGATCATAGAACTT
ACCACCGCTGGTATTGGACCATGCAAAAGCACGTATCTTGAGAATGAAGTGCTTGCGGTA
ACTTGTAGGATCACCATTACTGCAGCTCCAATTGCAGACAATATTGTAAACAGCATGGAA
GCATTTATCTAATTATTTTGTTTTGTTTAGTAGTAGCATGTAGGTAACAAAGTAGCAGTA
TCATCATAATACATTATATTTATATATATTATCCAAAACACATAGCATATTGTCTGCAGT
ATTATCGCAGCATTTGTGTTATAACATATTACTTACAGTAATATTCTTTGGTTTCTTTCC
ACTTAATACTCCAAGTGCACCAGTCACTATAAACTGTTGGGAAAATAAACAACTTAAGTT
ATGCTTATGTTCTTGACATTATTTTCTTAATCTCAAATACTGTACCATTTTTAGAGCCAT
GTTAACACATGCAATATCAAAACGTAAAATACAACATCAATTTTATTTATCTCTACAAAT
ACAGTAATGAATATCCGAATAATTAAAACAGCACAGAGCAGGAAAATAGCAGTAAGATAA
CAGTAGTTACATTATATAGTACAAAAAATAAATAAATATACAAAGTATATAGTAGGATGG
GGAAAGATGGGACACCTTTAGCACATTATATTCAAATATTCTGATCCTGTTTTAAATAAT
TAACAACGGGTTTTGAAAGTTGTACGAATGTGGTTTTATAAAAAATGTTTTGTTTATTGC
CAAATGGGACAAGAAAATGGCATAAAAAAGTGTCCCATCTTCCCCATTCTACTAAATATT
TAAAACAAAAAAATAGACTTACGAGTACACCAAGCCACAAGCCAGGTGCTTTGTAATGAT
CAGTTCCATAAGGTGAAGCATTATTAGCTATGTCAGGTATGACTGCTATAACTACACCAG
TTAGTAGAATGCACAGAGCACCAGTAATCACCTGGGCCATCTAGAAAAGTTTTCAAATTA
TAACTGGTAAAATTGCAAGTGATTTTAAGGGTATTATAAATGTCATAATTAAAGCTGTAG
TCACAGTTTTGAGACAAAATAGATTTTGTTTTTACCCATTTAATGAAAGATTGTATTTAG
AAAACTAGGTTTAAAAAAATCTGTTATGATGCTATGTTACATTCAATTCAAGTAAAGTTC
TACAGCAAGACATGCAATGGATGTTAAATTTGGGCGAAAGTTTTTCTTTACCCACGATAA
AACTATGTTAGAGACATGTAACCTACCCCAAATATAAGGAACAATTTTGCATACGGATGA
CCAGAATGTACTTGAAGCATTGCAAAGTCTCAGCAGTGTTTTGACTGATAGTTGTCCAAG
TTGTATCAACTGAAACTGCATATATAAAAAAAATTGTATATCAGTACATGTATAACATAT
TGCTAAAAACTAATAAACGACCACAGCATTGATCTAGCTAAAGCATAGATACTTTTACAT
CAGGGGAACTATATATGCCACATAACGTAACCACATTTTTAACAACAAAATAACCATACC
AACCTGCGCTGTACAACAGTTGGTGCAAATGTTTCTTTCTTCACAGTAAAGCGATCTACG
CTGTAGAATAAAATAAATGTTACAGATGGAGTCAATTCGGGTTCTATATAGACCATGATG
CAGTTTTTGTCATGCTCTGCACCAAGTTAGTATATGAGTCAATACATGGTAATATTGTGC
ATGATATTACAAATGAGCAGTAGTCACTAAAACTACATTATTACTTTATAATAGAAAGTG
TTGTGCGTCACAATAACACTGTCGTGTTCATCAGTTCACCCCGTGTATATTTTGGACCAA
AAATGTTAAATTTATATTTTAGCCCAAAATTGTTAAATTTGAATTTTTCTTTTCACGATT
TAAAACAAAATTTTTTCCTGTAGTTGTGAGCTTTGTTGGATAAATATTTTTTACATTTGA
TAAACTTTTCCACGTCAACTTAGAACTCACATATATATCAAGTCCAAATTTCCACATACA
TGTAAATAGGATAGTATTTCACGTAGAAAAGACAAAATAAGCACCTGATTCAACTGAATG
CTCATGCTTGATGTGTATTTTGCATCGTATGTACAACTAAAAAAATATGTTACAAAAAAT
ATGATTGGATCTCAAAATGTACAGTCCGGAGCATTTTAACTAAATGATGAAATGTAAAAT
AGTTAAATTCTGCTATTTAAACTTTGAGGATGTGTCATTCTACTTCGCTGTATATGAGTA
CAACATATACATATTCCTGTTATAGAGTATAAAAAGTATAAAATAAAACATAAAAACAAC
ACCTTACGTAAAAAGACCCATTGACTGTTTTATTGCTTTTTATTCCCCATTTCTCCGTAA
ATATTCTGTGATCCATGGTTCAGGTAATAACATTTTGTTTCGTTTTCTGTAAACATCTTC
AATTACTGTTGTGGGTGGTCTGTAATTCAAACAAAATATGTCAACCTCAACATAAAAAAC
TTTTACAATCACAAATTCTTTACACACTAATATAGTGTTATTATGTGTATACCTTTATAG
AAGGGGTAACTTAACTTACCTATCTAGTATAACCATTGCAAAGATTATTTACTTTCCAGT
AAATGTATATTTGAAATTGAACAGCAGAAGTTGCAGAATAGTTCTGTAGTTTGTGCTTTA
GTTGCAAAGCTCTCTAGTGACAACATTTCAAAACCAAACTTCTCACTTGATGTCACCAAA
GAGTGAGCAATACCAGCAGCTTATTTGTCAACAATAAACATGCTGCTTTAACTAGAATCA
CAGCTGTTTCAATCTATTAC
Chart Advanced