SelenoDB
Release 2.0
Chart Advanced
Promoter Report for SPR00003301_2.0
Identity
PromoterSelenocysteine synthase (SecS)
SpeciesIctalurus punctatus (Channel catfish)
Promoter IDSPR00003301
Promoter release2.0
External IDNone
Transcript SPT00003234_2.0
Annotation
Prediction method(s)
Promoter prediction (5000bp upstream, N/A) [Report annotation error]
OrientationForward
Structure gene structure

FeatureCol PromoterCol Coding exonCol Non coding exon (UTR)Col IntronCol SECIS
ResidueCol SecCol Cys or Other

Toolbox
Sequence
>SPR00003301_2.0 # Promoter # Selenocysteine synthase (SecS) # Channel catfish (Ictalurus punctatus) Full length # Forward
TGCTGTCATGGCTCGGGGGACGTTTGCAAACATCCGCCTTTTCAACAAGTTCCTCAACAA
GCAGGCGCCTTGCACAATCTACCTGCCTACAGGGGACACGGTAGGACAGGGATTATCTGA
TCTGACCTCACATGTAACACGTAACACCAGCACAAAAACACATAAAAGATGTCCTGTCAT
ATAGGAGTTTTTTTTCTAAATACCGTTATTTCTTGACATTGCGTTCTTACATTGCCGGTG
TGTTAGCCTCGGACTCGGTGTTCCAGTCCACTACTGTATACCGATCAGTTACACCAACCA
TCCTGGTCAAAGGTTTACACCCCTGGCTCTTACTGTATCGTGGTGCATTCTGGAGCATCA
GTGAAGGTTTGCACCTTATGAATACTTGTGTACAAGTCCCTCAGTTGTCCTCAGTGTGAA
AAGATGGATCCCAAAATCAAATAGCCACTGTTGGAAAGGGGTCAAATATGCAGAAGATGC
TGGAAAAGTAAAGAATGTGCAGGACCTCGAGGATTTTTATGAAGAACAGTGGGCAGTTTA
ACTACTCAGGACAAACAAGGGAGTCATGAACAACTATCACAAAACAAAAAAACAGTCGTT
GATCATCCAGGTAACGACACACAGTATTAAGAATCGAGGGTGTGTAAACTTTTGAACTGG
ATAATTTGTGTAAATTCAGTTAGTATTTTGTCTTGTGGACACTAAAACATTTGTTATGTG
AAATAGCTTATTCAGGGCAGTGATAAATAAAAAAAAAACAAAATGCAACTTTTATGATCT
CTATTTAATCATTTAAAAAAATTATTATTTACATTTTGCAGATTCTGCAAGGTGTATGTA
AACTTATCACCTCAACTATATATAGCAATAAGCTCAAAAATTTACATACTGCTCCTTTAA
ATGATGTGTTCTCCCACAGCTGGATGTGTATGATGCTGCAGAGAAGTATCAGGAGGCAGG
GTATCCACTGCTGGTGCTGGCAGGGAAGGAGTATGGATCAGGCAGCTCCAGAGACTGGGC
TGCAAAAGGACCATTCCTGCTGGTGTGTGTCATGTACTCATTTTACCTAATGTTAATGAC
TATGAGGTCATACCTCTATTTTCTTACAGCAGTGAATCAATGATTAGAAGAGGCATAATG
TGTGAAAATTGTCTGCAGTTCTTCTTGTGAGTAAAAACAAACAAACAAACAAACAATTCT
CTTGTGATGCCCTCAGGGTATCAAAGCTGTACTAGCCGAGAGCTACGAGCGCATCCACCG
CAGTAACCTGGTGGGTATGGGGATCATTCCTCTGGAGTATCTGCCTGGAGAAACGGCTGA
TAGCCTGGGTCTCACTGGCCGAGAGCGCTACACCGTGGTCATTCCTGAACAGCTCACCCC
CAGAATGATTGTTGACATTAAGGTACATCTTTGCTTATGCACTATTTTTGCTGCTCTATT
TTACATAAGTGGCATCAATTATTATTATTATCATTATAACTTAATAATCACGATAGTAAA
CTTCTTGATTGCGGTTAACATCTAGTCTTTGGGGGGGGGGGGGTGTGGGGGGGTCACCTT
CTCAAAGAGAGAGAGCTCAGCTGAGAATTCAGATCACCTTTATTTCATCAAGGCTAATTA
TATTCACATAAAATAATCAGAGGTGCCGCTCAGTCGATTGAGCAGAGAAGTGCTGTGTGC
AGCCGATGCCAAAGAACAGAGAGAAGTCTGAAGGCCCCTTTTTATAAGTAAGGGATAATC
CATCAATGACAGCTTACACGATTTTAATGTGAGACATGGAGGCAAAGTACCACCCTATGT
GAAGCGGAGTGCATTAAAATCATGTACCGCACACCTGGCTGTGGATTATCCCAATTATTC
TATGGTCGCTTGCCAGCAGTGACAAGTTGAAACTGTCATTGATATTTGCAGTGCAAAATG
AGACTGAAAAGATAACCATAACGGTTCATTTATGTCAGATATTTTATATACGGGTCGTTA
GATCTAGAATTCTGCCCGCTTGAAATCATACACAGAGATAAAGTAGTGTGATGAGATTAT
ATTTATTTGAATGGATTATAATAAATAGTTATTAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGATT
GTGTTAATTACCTTTGTCTGTGCCGCATCTCTACTAATAATCAAGCTGTGAGTCTAATTG
GATGTTTCTATGGTTACAGTTGTTTATATTCAGCGCATTGTTATACCGTTACACATCAGG
TGTGCATTATTTTCTAATAATTCAACGGATAATTCAATTATTTCGCTTATACCACAGTTA
CCACACCTCAAGACATCGTTCAGATGTTTTATACGTTAATATGAAAATAGAGCAAATAAA
GAAATAAATATTGATAGGCCTACTTGTTCACATGGTTTTTCTTTTTGATTTTAATTACTG
CAGAAAATACAACAGATAAATAAATAAATGTTGATACTTGTTCACTAGCTTTTCTGTCTC
ATTACTGAAATCACTCACTCTCTCACACACACTCATTCAATCTCTCACTCACACACACTC
ACTCATACAATCATTCACACTCTCACACACTCTCTCTCTCACACACACATACACGCACAC
ACACACTCTCATCCTCTCTCTCTCTCACACACACACACACACACTCACTCTTTCACACAC
TCATTCACACTGACTCTCTCTCTCTCTCCTACATGCAGTTCAAAATACAGGGTACTAAAA
TCTAATATCTAGTCTAAACAGTCTAAAACTGACATGTATTCTACTAAAGGTGGATACAGC
TGCTACCTTTTTAAGCATATAAACACACACACAGTTCTATTCTCAACTGAACTAAAGCAT
GTCACAAATGAAAATACTCTGTATTTGTTAATAATTCAAAAACAACTCCCTAAATTCAAA
CAAATGTCACATCTTTTAATGTTTCGTGGTGCTCTCTGCAGATGGACACCGGGAAGACGT
TCCAGGCTAGGATGCGGTTCGACACTGACGTGGAGCTCACCTATTTCCACCACGGCGGCA
TCCTGAATTACATGATCCGCAAGATGACAGAAAAGTAGAGATTGTCTACTATCAATCTCC
CTCTACTGCAGCTAACAAGTTCACAAGCAGAGTCATTTTTTTCACCTGTCTCTTGTTTTG
GAAGTGCAAACCTTTACATTTTTTTCGTAATTTTTTGTGAGTCAGAAATGAATTTCAATG
TTTATGTTTATGAATTATCATGACTGCACTGCATATACAACACATATCAGCTTGGAATTC
ACTATAAGAAAGTATTGGGGGTTAGCATTTAAAGTTGGCAGTAGTGGTTGATCTTACTGT
ATCTATGAAGGTTAAATGGCTAAAAAAAGTACTTTTATCATCACTGTGTTGAGTCCCTAA
TCATAAGATCTTAATAATGTTCTAGCTCCTCACAGTTAATGATGATGGAGAGAATTTGAC
TTCATAACTATAGTCACTGGCTGCAGGTGTATACAGATCCACCTGTGGTCTGGTTTCTAA
CCCTACCTCAGTATTGCCAAACATTAATCTTCACTGTGTGTCTCCCCCCCCCTACGCCTA
CACTTGTCTCATCATCATAACTCACAAAACTTCTACACAAAAACCCCCCTTTTTTTTTGC
ATTAATTCAAAATTTTAAATTTGAAAATAGCTGTAATGTTATATTTACAAGGAAAATGTT
CTCTATCATGAAGATGCTAAACAAACAACTCACTGTGTCCTTATGGTGAAATCTTTTTCT
TCCACATATAAGCTTTGTCCATCCAAACTAACTATGAAATGAGAACGCTGAGATACTCAC
CAGCTTTGATCTTTACCTTCTGTGGACCATCTTTGCCCTCCAGCTTTCTCAGCTATCAAA
CAACACAACACAACAAAAAAGTGCTTATGACTAATTTACTGGTGACTAAAAATGCAGGAT
TTTACTTTTGATGAGAAATCGATCCATATAATTTTGTATAAATAAATATATTTCAGCGTA
TTGATCATATTTGTATGCTAACCAAATGATCTAATAGTGTGTGTGATTCCTGTAAGTGCC
TATAGTACCCTGTGATGCTTATATAAGTCTGTTTAAAGAAGCTTGGTCATCATTCCAAAC
CAGATGCACTGTATGTGTGTACTTTTCTTTGCTTTGTCAGTGAAGTTAAGTTAAGTGAGT
CATTCAACCATGCGCTTTACTGTAGTTCATTTATTTTGTTGAAACATGGACTCCAGAGGT
TATGAGTGGGGGGAAATGTCCTACAACATCATACTGTATACATCTTGACGATTTCTAAAT
TCCTCTGGAAGTTACCAGTCATCTAAATATTTAACATCACAGTAAAGATGGGGATGTTAA
ATATATGCTTCACTGAGGAGGTTATTATGGGTTTTAACATTTCAAAAGGACTTTTATTCA
GGAAATTATTGTGGATAGAAATAGCAATACAGTTTCACTGATCTTGACTGTTCTGATGTA
ATGCCCCTCTGTCTCATGATCTATTCAAATAAAAAATCTTTTTTTTTCCTTCAGATGACT
TATGGTTGTAATGTTTGAGTTTATTTATACTTGACAAATCTAGTAACAGACCTACAGCTC
CCAACACAAGCTCTCTGACGAAAGCGGAAAGGACTTTTACTTCGAAATAGTAAAACTGTC
GGTGGGCGGAGTTTAAGGGACGCGTAAACAGGAAGTGTAATAGCAGTTGTCATGGGCTGA
AAGCTAAAGCGGCTTGCTTCTCCCTAGAGAAGTGCCCTGTCTAGGGTGTGAAATAATGTG
TTATACACCATATCTAGTGGATTGCATATCCAAATCAATAGCATTTAGGATTTAGCCATG
CTGACTGGCGAGTTTCCTTAGCCAGGGTTTCGTAAGTGCACTGAATGAGTTTTTTTCCGA
AGCACGTTAATGATTAACAATAAAAGCAGGGATAGATTTCAGCCATAGTGCAGGCTCGAA
ACAGCTAGCTAGTTAAAGAAAACAGTAACAACCCAGCAGTGCCTTCAGGTGCGTGTCGGT
TTGTTGTACAGCTTTGAGGA
Chart Advanced