SelenoDB
Release 2.0
Chart Advanced
Transcript Report for SPT00000549_2.0
Identity
TranscriptMethionine sulfoxide reductase A (MsrA)
SpeciesCiona intestinalis (Sea Squirt)
Transcript IDSPT00000549
Transcript release2.0
External IDNone
Gene SPG00000452_2.0
Annotation
Prediction method(s)
(Selenoprofiles, Ensembl 68) [Report annotation error]
OrientationForward (Reverse in the original sequence)
Structure gene structure

FeatureCol PromoterCol Coding exonCol Non coding exon (UTR)Col IntronCol SECIS
ResidueCol SecCol Cys or Other

ToolboxFull length   Spliced   5UTR   CDS   3UTR         Forward   Reverse
Sequence
>SPT00000549_2.0 # Transcript # Methionine sulfoxide reductase A (MsrA) # Sea Squirt (Ciona intestinalis) # Full length # Forward
GTTAAGCATCATGTGAATAAGAATCAAATCTTCGAACCTTTTCCTGATGATACACAGATG
GCTATGTTTGGTAAGATATTGAAAATATATTTGTTATTAGACTAAACTATAAAGGAATGT
AACTTATTTATCCTTGCATGACGGGACAACAATAGTCATTATAACACCGATGTTCTGTTT
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AATGACCGATATTACCGATGCCATACCGATTACGTGGAACACATGCGCCGGGCAAGTGCG
AACGCGTTTTTACAAGTAAGAAGTAATTTGGCTCGTGCAGCAGAGCGACAGAAAAGGTAC
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CATTTACGCGATTATGTATGATGTCTTTGTGATTGTTTTCTACCGATATTTCTCCGTAAA
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TACGCTAGATTCTTCGTTGTGGTCCCTAGTTCTGTTCTCGCATTCCTTTGTTCCAGTACT
CGCCTAATTATTAGTTACGTGTTTTTGGTGCCGCGCGTGTTAACGCATTCCTTGTATTTG
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AAAAAACTAAACGTATAATTTAAAAAAGCTGTTCTAGGCTTAACGGTGAAACATTTTCGA
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GGTGTATAAAACAGAACACCAGTTGCAGCATTTGTGGCACATAAACATTATATATGATAG
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TGTAGTCGGTGTTCTGTGTGAAAAGTGCAAGAATTTTAACTGTATGACAGTTCGATCTTT
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CGACTTATGGCAATCTTTTAACCTGTCTGGTTGAGCTAGACATCATGAGTTTAATAGCGG
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GAGCTTGCATCTGTCCACCAGGAGATGATAGAGCAGCGTTCGATGGTGGAAGGAGAGCTG
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ATATTTATGTGGCGAATGGCGATGTCCTGAAATACCCATAATAGTATGTCCTGAAATGAT
GTTTTGGGCGCTTATCTAAGCATGGCAGCAAAAATTAAATCTATGAATGCAGGTTTTTGT
AGCAGATTCCTCAAATAAAACTAGTTAATATATTTTTTAATATTCATCTTCAAAGGTAGT
TGTTATTTTCCATACATTTGCATATTGACTAAAATGTTGTCAAAATCAATGCTGTGTTTC
AATGATTTGCTAAACCTACTCTGAAAAGGTTGGTTCAGTAAGCCATAATGCCTTATTAAA
AAGTTTCGAATATTTTAAAAAGTCAGTAAAACAGTTTTTGTTCTGTTTTTTTATACAAAT
TTTTTTGAAGGTTGATTTTTAATGCTGTTTTTTTTTATATATATAAGTCAAAACATCACA
TAAAAAATTAAATTGTAAGTTGGAATTCTGCATGAAATTGCTTTGAGATTTTTTTTACGT
ATTTTTTGAAGAGAATCGTTTTAAAGCGATTTTAATAAATTTTTAAATTTACAAGCTTTT
TTACTTTCTAAAAACTCAGTAAATGTGTTGATTTGTTCGCTACCTTTGCCAGGAAATGGC
CGTGAACTTTGGCCATTACAGCAGTCAACATGACTTAATGTTTGTCTATGGTATACGTGT
GCCTTGTCGAGCTATAGCTTGATTATTTTGTCAGCATGCTCTTTTATCGGATCACGAGTC
ACTGTTTGAGTGTATGTTTGTTTTAGAGTCTGGCTCTCTCTACCCAGCCCCTTATGCGTA
TATTACTAACGATACAGTTGATTATTAATTTTAGGGAACTCGAGTATTGCATATTATTGT
ATGAAATGTGGTGTGTTTTTGTAGTTTTTTAATATTATAAAAAAAATATTATACAAATTT
ACTGTAGTAGTAAAAAAAACACAAATTTATCATTTAAAAAAAAAAAACCTAAAATTTTAG
CAGTAATACATAATATTAGTTTGCATTGAGATTTTGTGCATAAAATTGTTGGTGTAAATT
AAAAGGTTAAGCCTAAGCTATACTCTTTTATAAGCATGCAAGTGTTACCATGTCTGCAAA
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TGAGGCAGCTATTCGACAAAACGCGAACGACAAGCAAGAACTTGCCATGATAAGACGACG
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ACCGATTTCAAAATAGGATAAAGACTATAGTTTAAAAATATTTTTTGTGAAATTTTTTTG
TTAAAATTAAAAACATAAATTTTACAGGTACGAAAAGCTTAATTCGTCACACGAGGAGCT
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TGCTCGGAAATATGACCCTCCTATTGGTATGCTGTGTTAGTTATCCTGAAGACCTCACCC
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CTGAAGACCTCACCCTCATGGATTAGAATAGACTGGGACCAATAAGCCTACATCCCAGGT
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AAGACATATATATTTAAACTCTAGGTGCAGAAAGAGACTCCCTACTGCGACAGGCTCAAA
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TTTTAGCAAAATCTGGGGTAACATCGTATAATGTAGTTAAAAACACAAACTTTTTGTTTA
CTTCTGCATTTGTAAGGTACATTCATAGTCATCAAACATAGAAAACCTTATATGCACCTA
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TGATTTAACGCGTGTTCGTGAAGAAAGGACGATGGTTAAACGTGAATATTCACTCGTTAT
GAGCGAAAGAGACGCGGTACATAAAGAAATGGATAAATTACAAGAAGATTTGATCGCGAA
GCAAAAAGAATGGTAAGTGTATTGAAGTGCATACTGTTTATTAAAGGTGTTTTTATCAAA
CTAATTTTAGAACCACAGCAAACATTAAGTTTTGTATTTATTTCAGTGAACAAAACACCA
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AGCCTGGTTCTGTAAGTATAACTGCTAAGATTTAAGTGCTATAAATGTGACTGGCAAAAA
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CGAAGCTTACAATGCGCGCCAAGCGCACGAATTGGCTGTGGAAACCGTGGAACAAATATC
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AAGTATTTAATATAAAAATGTCGTCTTATTCATAAAAAATGATCCTTATTAAAATATATA
TAAAACTTTTAATACATTTTATATAATACAACAGTTTTTTATTTAAAAAATCTGTAACTT
TTTACTGCCCCCAAATGTATCGGGCACTTACCTCTCTACTGCCTCAGGTGGCGAGAAATT
GCGTTTTCGGAGCGCCACAAACTCCGCTTAGAATTGGAAGAAAGTAAGAAAGTTTGTGAT
GAGGTGACGGCAGAACGAGAAAAACTCGTCAAGCAACTTGAAGAAGCTGTTAAAGTGAGC
GTAAAAAACCTGGGGCGACAACTTTAATGAAAATCAAATCTGTTTATTCCTTATTTTTCT
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AATTTAATGATAGAGGGAAAGTTACAGCCATGGTAATAGCCTGCTAAAATTTAAGCGTTT
TGTTAATTAATTTTATTTTAATCGAAATATTCGTTCTAAATATAAGATTTCTATCTTAGG
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CTCGTGTCGAGATGACTCAGCGAGAAAATGCGCATAGTCATGACTCGGCAATCGACGCAG
GCGAATGGGAAAGTAGTGAACACCCATCAAATGGTGGCGCTGTTCGCCTGCGTAAATTCG
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