SelenoDB
Release 2.0
Chart Advanced
Transcript Report for SPT00001020_2.0
Identity
TranscripttRNA Sec 1 associated protein 1 (SECp43)
SpeciesGadus morhua (Cod)
Transcript IDSPT00001020
Transcript release2.0
External IDNone
Gene SPG00000924_2.0
Annotation
Prediction method(s)
(Selenoprofiles, Ensembl 68) [Report annotation error]
OrientationForward
Structure gene structure

FeatureCol PromoterCol Coding exonCol Non coding exon (UTR)Col IntronCol SECIS
ResidueCol SecCol Cys or Other

ToolboxFull length   Spliced   5UTR   CDS   3UTR    
Sequence
>SPT00001020_2.0 # Transcript # tRNA Sec 1 associated protein 1 (SECp43) # Cod (Gadus morhua) # Full length # Forward
ATGTTCAACAGACAGACCAGCCTCTGGATGGGTGACGTACGTCCTGCTGCTCACTATAAT
GTTATAGTATCGTAGTATAGTCACCATTATAGTATAATTATGTACTACAATGTTATAGTG
TCATGGTATAGTCACTAGTACAGTATAATACTGTACTATAATGTTATGGTATCATAGTAT
AGTCACTATTACAGTATATAATACTAAACTGTAATGTTACAGTATCATAGTATAATCACT
AATACTGTGCATTACGGTATGTAATACTATACTGTAATGTTAGAGTATTATAGTATAATC
ACTATTACTGTACATTACGGTATATTATACTGTACTATAATGTTATAGTATCATAGTATA
GTCATTATTACACTATACTATACAGTATTGTTATAGTATCATAGTATACTAACTATTACA
GTATATAATACTGTACTATTATGTTATAGTTTCAAAGTATACTCACTATTGCAGTATATA
CTAATTTACTATAATGTTATACTATCATAGTTTAGTCACTATTACAGAACATAAGTATAT
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GTCTCACCAGGCCGGGCGGCTCCTCTGTATGACTCTGTGGAACGGTTCCTCCCCCCACTT
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AGTTAATGAGTTGATATGCCGTGGAGGGTCGCTAACCCTTGTTCCAAACCCAGCGGATGT
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CAGTACGGGAACTCCAGGTGAGACCCTGGACCAGGGCCATGGAGCTCTGGTCCAACGTGT
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GCATTGGTAACAATAGTCGTCCCATAAAGCTTTTTTAATGGAAGTGAAACAGCGGCATCT
GGTGGTTGTATATGTTATTGTGGTGTCTATCAGTCTATTCCCCTCCCCTCCCCCCTGCTC
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TGGGGGAAACACTGCTAACCTAGCTCAATAGATTAGGTTATAGGAGGGTCCACCCTAAAC
ATGCTTATTCCAACAGAAATGGTAAAACAATATAACATTAAAAAAGACGGTGGTGGTGGT
TAATGTTGGCACATATGCACCGCCTGGGTTCATAAAACTGTTGCTTCGGTTCCGCATGTC
GACCATTCTATATTATTGATCCCCTTGTTTTGTTATTTTTTCTCTTTATTCTTCCTCCAT
GAACTCTTATCCTCCTCTTCCCCAAATGACCCGGGTCCAGCCCATCCCTCCATATTACAT
TTAAACAGATGAAGAAGCAGTCATGTGAGACACCCCTAGAAAAATGAGATCCACAACGTT
TTGTCTATTATTACCATCGTTAGCTAAACGAAAGACAATTCCAACCCTAAACAAAATAAG
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AAACGAGATTTGATTACAAAGACTATATATCAAAACTGAGACTCCACTGATTTCAACAGT
CAAAATATCACTCTGTGACAAAAACTTGCCAAACTAGGGGCCAAAAAGAGAGAGTACGGT
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CCATTTTGGTAGGTCCTCTTTGTGATATTTGTAATGTTGGCCATATTGGGAGGGTCTCTT
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CCATATTGGGAGGTCCTCTTTATGATGTCTGTAATGTCGGCCATATTGGGAGTTCCTCTT
TATGTTTGTTTTTCTTCAGCCAAAAGGTGAGCAACTACCACGGAGGCCAGGGCCAAGGTT
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AGGCATCGGGGGCCACAGAGGTGAGAGCCTCTAGATTAGATTCATGTTCCATGAGCCGGT
TGACCCCTCCCTGACCCGTGGACTCCTTCTAGGGTACGGGTCAGGGCTAACCCTAACCCT
AACCCTCTCTAGACGGTTGACCCCTCCCTGACCCGTGGACTCCTTCAGTATTCCCTTTTT
AAACACTATTACTTTGAACCCTCTGGGCCCAGATTCCCTAAACCCCCATCTCTCTCTCAG
TCTGAACCCTGCTTCTCTCTCAGTCTAAACCCTGGTTCTCTCTCAGTCTGAACCCTGGTT
CTCTCTCAGTCTGAACCCTGGTTCACTGAACCCTGGTTCTCTCTCAGTCTGAAGCCTGGT
TCTCTTTATTGAAACATGTATCCAGTGTAGTATGGACAGTAATGGAACCGACAACCTTCA
TGTTGACATTATTTGTCTCCTCTCAGGGTTGCCACGATGACAGCGGTGAGGTGGAGGACA
ACGGAGAAGGTAGACGTGGTTCTCATAGGCCTGCCTCTGTGTTGTCTACAAAGATCCTTA
CAGTGGGGTATACCACGAAGCGCGCTGAACATACGCACATACTCACAGCTAGGGGAAACA
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TAAATTCGTTAGTGAAAAGATTCTGCATATTGTCTAAAAAATAACTATGCCAAATGCAGA
ATTGTTCACCGTTAATCCCAATAGAGGATGATGATTTCAAAATGCAAAAGCAACGTCCAA
CCTGCCTTATTCTATAATTTCGGGAATTCCCTTTATGTAAGAAATCCTTTTTTCACCCTA
TTTAAATAATGTATAGTATATGTTTTCGACCGCTGAGATGTGGCGGCAGCGGTGTAGTGG
TTTACTAAAGAAGACCCGAACGCCAGCGACCGGGGTTCAGACCTCGCCTGTCCATCATCA
TTCCTTTTACCCCCATAGAAGTGGTGCCAGCACGGCCTTGAGAACATGGGTTCAAATTCG
AAATGAATACAAAAATATAATTCCATAATCTTAAGTGAATAAGTATTCCATCGACTGCAT
AAGGCCAACAAGGACGATCAAATAGCGAATAGCCTGTGATGAGCACCTGTATCTCTCATA
AAGAATATTCTAAGGCAATGCCAAGGAATCGGATCTGTCCCGAAAGACCCTCTGTCTCCG
GAGACACCCCTGTACGATACGGGCTCCGAGGTTCACAGGAACACCAATAAATGGCGACGC
CGTTTTCAAAGGAGGGGCTAAGAAGCTGCGCACGCCGATCCAACCTGATAGACTAAGCTC
ATAACCTTTGGTTGACATAATAAGTCACCATGGTGATAGAGCGACGCTAAAAGAGAGGGA
CTTTCGTCTCACAGCTAACCCAGGCTTTGAGTGCAACATAACTCGCTAACCAACTAATCA
AGGTTCGTAGTATACCCCACTGGTTCCCTGTCCTCATATATTAAATAGGGAGAATCTTAT
CTTGATATCATGTTATACATCATGTTATACATCCTGTTGTACATCGTGTTGTATATCAGG
TTAGAAATCGTGTTAGACATTGTGTCATAGATCATGTTAAACATCCTGTTATACATCCTG
TTATATATTGTGTTGTATATCTTGTTAGAAATCGTGTTATACATCATGTTATACATCGTG
TTATATATCGATTTATACATCGTGTTATATATCGATTAATACATCGTGTTATCCAACATG
TTATACATCGTGTTATACATTGTTTTGTTTTTCATGTCGTAAATCGTGTTATACATTGTG
TTGTACATCCTGATATACATCGTGTTGGTCATGGTGTTATACATCTCGTTATGTAGCACG
ATTATCGTTGTCTTGTATATGTTTAACCCTAACCCNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCATGATGTATTTAATATCTGTGTTACAGAGCTGGA
TGTGGTGGACGTGCTGCAGGCTAACAGAGACTTCATGGAACACAGCGAGGAACTTTATGA
CGCAATGATGGACTGCCAGTGGGAGCCCCTTGACACCATTACCTCCCCCATC
Chart Advanced