SelenoDB
Release 2.0
Chart Advanced
Transcript Report for SPT00001974_2.0
Identity
TranscriptSelenoprotein J (SelJ)
SpeciesOryzias latipes (Medaka)
Transcript IDSPT00001974
Transcript release2.0
External IDNone
Gene SPG00001880_2.0
Annotation
Prediction method(s)
(Selenoprofiles, Ensembl 68) [Report annotation error]
OrientationForward
Structure gene structure

FeatureCol PromoterCol Coding exonCol Non coding exon (UTR)Col IntronCol SECIS
ResidueCol SecCol Cys or Other

ToolboxFull length   Spliced   5UTR   CDS   3UTR    
Sequence
>SPT00001974_2.0 # Transcript # Selenoprotein J (SelJ) # Medaka (Oryzias latipes) # Full length # Forward
ATGGCCTTGACCGTGGCTGACAGAGCCATTGGAGCCATCATCGGTGCAGCAGTGGCAGAC
GCCGCTGGTGAGATAAAGTGCATGCAACTTGCATTTGTTGTTCTTATAAAAACAAATGTT
TCCTTAAAAATATTTGCAGATATTTTTGTTGTATTTGTGATAAAAGTCTGTAAAATGTGC
AAGTGAGCTGGTTTTCACAATTACTTGAGCGTTATCTGCAGCCTGTTCCATCAGAAACAT
CTGTTGGAGCTGATAAAACACAAGGGTGGCGTGTTTTTTTCATGAGTCACGAAAACAAAA
GTGTGCTTTTCCAGCGGCTGCATGGAAAACTGAAAGCTGAAGGAGAACAGGAGTTCCTGC
CACTGCAGGAGACTCATTTCACCTTCACCTGTCATGTTCTTGTCGTCAGCCCAGCCAATG
CACTGGATTTACAACCCCGACAGGCTGAAGGAAGTCCTCTCCGATCTGGAGCCCTGTCCA
GAGTTTCGGCCTCAGTCAGCCAATCCTTTTTACTGCAGGGCAACAGGCGAGCAGACCTGC
TATGGGGACCAGGCGTACGTCCTGCTGGAGTCTCTGAGTCAGTGTGGAGGTACTTCTGTT
GACCCAAATCCAGGTTTTTCAGAGCTCAGAATGCTTCTTTTATTTTTAGTTTTTCAGTCA
GATTTAAGATATTAACACTGTTAAGCCCACTGCATCAAAGAATTGACAGAAAAGGAACAT
TTATTGAAATTAGGACTTTTTTTCTCCTTGATGAAATCCACAAAAAATATTTTTTCCAAT
ACATTTTTTATGACATACGATGGTATGATAAGTTGGTTCATTTGGTAACGTTTTGCTCAC
AAATCTTAGTTTGAGATGCATAAAGATTGACAAGAATGTACAGGAAGATTTTTCCCTTAT
TTAGCCACTGTCTCAAATTTGATCCACACTTTCATAACATGGTTTAAATGGATTATAAAG
AATCAACTAATTCCGCTTTAAATTTAGAAAGTAGTCATTTGAAAAGAGGATTACCAATAG
ATGAGTTATTTCCTTTGAAAAGTTTTGAAAATTAGCAAAACTTTTCCCGCCAAAAGTGTT
TCTTGGATTTTAATGGAGGCAGCCTTCGCGAAATGAGCAGGAAAAAGCTCTTCTACTGCC
CCTAGTGGCATGAAAATGCACTACAGGGCAGGAAGCATGGGACCAAAATACAAACAATTG
GTTTTTAAGGAAGTTTTGGATCTTGCCAAGAAGTAAAGTACTCAGAAATGCGTGAATCAA
ATATACTACAATGGGTTATGTAGGGTTAAGAAAACAAAGTCAGAATCTTTTTTCTACTTT
TCCTTTTTTGGCAGATCTGGATGTGAAAGACTTAACTGAGCGCTTCTACAAGTTCTTTGG
ACCGGAGACTGTGTACGATCTACCTGTTAATGATCCCTACAGGAAAAAAGAAGGTGCTTT
CTCTGTCCAGCTGCTGCACAAACATTAAAGCCTGAGCTGCTGCATGTTCAGGACGGCCAT
TTGCACATGTTAATCACATTGACCTAATTTGAGAACTGGATTGATCAAATGTGACGTCAC
CCATAGAAAATGAATAACTTCCAGGCTTCAACTAAACAAAATCAGTTCATTCGTCAATTT
TGCGCAATACAGACACCGCCATGTTGGAACCAGAAATCATCAGTAAGAAGTGGTTGGTCC
GAGTCAACGTTTCTATTGTCTCGCCAATCAGGAGTGAGCCTGTTGGAAATCCACACTGAT
ACCACTTAAATCTGTCAATCAAACGTTTTGAACATTCAACATACTTTTAGACCGCATACT
TTTGTTGAGGAAACTGATTGGCCAGTTTATAACTTGAATAACTTACAATAGAGAAAAATT
ATCATGACAAAAAGCCAGTATTAGCAAGAACGTGTAAAAAAAAAAAGGCATCAGAGAAAC
AATGGTTGTTATGACAAATAGGGTAATAGCTTTATATTTCTCAACAGAAGTCTATGGGAT
TTTAGCTTCCTGGAACTAGCAGCTAAACTTCCTGTTTGGAACGAGAGGGTGGAGGGGTCA
CTCAGTCAAGTTCTCATATACAGTCAATGGTTAATCACCAACTTTTACAGTCCTGCTGGG
ATGCTGGAGCCTCTGCTATCGTCTGATAACAGCATGTAAAGGCTTTTTTTCCCCTTGCTA
ATGGGCCTATCCATGAAAACCATTCAATGTCTTCACTGAATTAGCAGTTTTCTGTTCTTT
TTGTCGTTAATGTGTGGATGTCCCATGAAGTGCGTTCGAGCAGTAAATTACCATAGTCGC
ACAGTACACCACTGGGTCCAGTAAATTTTAGAGAGTTTTCTAACTCATAGCAGAACAGGG
ATGTACATCCCAGCCCAACAAAATAGAGAACTCCAAAAAGACGTCTTTTTCTCCTCTTCT
GGTTGAATTGATATTAAAGTATACAGATGTATATCCAAAAATCATTCTAGTGCTAAAAGT
AACAGCAATGACAAATAAGCTTGTGTTGGTTAAAAAGGTATAAAATTGAACAGGAAGTAA
ATAATCAGTTTCTGGCGAACTTGGTCAGTTTCTCTTCCTGTTTTGCTCTCTGTTGCCTTT
TATGCATATGTAATGTAAACAAAAAGACATCCAATCACAAGCTTGCTTCAGCCAAGTTGG
GTTTGGCTGAAGGTGAACCACAGAGGGATGTATGCGCCAAACATACGATAATACTTTTTT
TAAAAGCCCTTTAAACAATACCTGAATAAATTAAAATGACACATAAAGAACCAACCAGCC
TAAAAGACCCAGAATGCAAGTTTTTATGTTTGAATTGTATTGTATTGAGATGTGTATCAA
TTCTAGTCAATCGGATAGATAGACATTCCTAATTAATGCTTTATGTCCAAAGTCCCTCAC
TACCCCCCGGTTAGTGCATTACATAGGACATTCTTTGTTTTTTTTAGGGTGTCCCAATCT
ACAATTCCAAAATCCAGTGCCCTGGAAATTTACCAGAAGTCTCAGCAAAAAACAAGTAGG
CATCAATGTTCACTGGATTGGCAAATATAGACCACAATGCATTGCGTGTAAAGTATTTGT
CATTTGAAAAAAAATATATTTAAATGTATTTTTTATAAATTATCCAAGTTTGGGTGACGT
CCTATTTGGTGTTTAGGTGACCATGGTGTCTAAATTACATTAAAATCTGAGGCACTTCGT
AGTCTCACACTATATAGTCGTGTAGGATTAGGGACTAGTGAGGGAATTCAGACACAGCCA
CGCTACCATTCAGACTAATGCTTCCAAATGCAGGGCCCAAAGCCGTTCTTCCGATCGATG
GCCCGTGGAGGCACAGCAGCCTGAAGGCTTTCATCAGAAACGTGGATGCTGGCAAAGAAG
AAACCGGTAAATGTTGCAGGTATCAAGCATCTTCTGTCAACGACTGCTGTGTTGTTACTG
CTGTTTGTATCCAAGGCTGTGACGTGGACTGTCAGATAGATGGCATCACCAAACTGGCTC
CGGTGGTGGCCGCCTTCGCCGGCAAGCCGGAGATGCTTGAGAAGGTGGAGAAGGCCGTCC
GAGTCACGCAGAACAACGACATGTGCGTGGCGGTGACTCTGGCTGCAGCAAGGTCAGGAG
GACAGGTGCTACCAGGAAAAGAAAGTTGTGAGCTTCCTGTCCGTCTGACTTTATGTTCCT
GTTTGACGTCTTAGGGTTTTAGAGCATTTCATCCTGAACGGTCCTGATCCGAAGGTGCTG
GATGTGGTTCTTGCTCAGCTGAATGACCCAAAGAGACAAAACCCTCAGGATCTGGACAAG
GCAGTGGTTGGTAGGGCTTAAGAAGTTCTATTCCTTTCAAAGAACACAATATTTTTCGAT
GTATTATTATATTTTTAGCTATTTTTAACTACACTGAGTCATTTTGAAAACTAATTGATC
AATAGCACACAATAAGGCGCACTGGACAATAAGGCACATCACCAATGAATGGTCTACTTT
CAAACCTATGTCATTTATAATTTTGAAACTATAATGCATTATACGAGATAAGAGATAAGT
CTGTACATCTGTGTCACAGTACCTCTAGAACTTGTTTGTAACATGCTACATGTTAGCCAC
ATTTTAAGTGTTACTGCGTCAGCGAATTCTCTAAACCTGCATCTCTCAGGTTGTGCGCGA
ATTCCCTCCCTCCTCACCACACAGTGCACCTTATAGTGCATTCGCCATTTTGTAGGACTG
TCTACAATTCCAAAATTGAGTGCCCTAGAACTTTCCCAGAAGTCTCTGTGAAAAAGCGGT
GCGCATCGATACTCACTAGATTGGGGAATATAGACCACAATGCATTGCGTTTGAGCAATT
TTAGTAAAAATGTTCAAATCAATTAGAAAAGAAAAAAAAAGTAGTGGGCATGGCGTCCGA
ATTGCTTTTGAAATCCAGGGCGATAGTCCCGCACTATATGGTTTTTTAGTAGTTAGGGAG
AAGGGCGGGAATACACATATAGCCCCAATCTTGATTGACGTAAAAACTATGCTATGCCAA
CTCCCAACCAAGTTAGTAACACAAAAAACAACGCACACAGTCGAACACTGCCACACGTTA
GCATATTTACAAAAACGTTTACTCCGAAACTGGTATCATTAAAAAAAAGCCTGATAGCAT
TAAAACAAACATTACTGTGACTATGCTAACTCCCAACCGTGTTAGTAACACGTAAAATAA
ATAAAAAACACAGTCCAACACCACTACATATCGGCCGTTTCATGTGGAACTCGTTAAATA
AAGACTGAAATTTTAACAGCGCGCTGTGTACCTCTCAAAATCAGTGACCAGAATTGATCA
AAATATAGAAGGCGCTACGGATTATAGGGCACACTGTCAATTTTGGAAAAAAATTTGGGC
TTTTACATACGCCTTCTAGTTTAGAAAATATGATAATTTTAAAAAAAAGTAAAACACATT
AATTTTTTTATTTTTATAGTAAAATATTTTTGTTATTATTGTAAATTACTGTAACACATT
TTGGGATCTATTGGGGAAAAAAATTTCGACAGAAAAATCTATTTTCATTAATTAGTGAAA
AATTATTAGAAGGCGCTTAATTTTTATAATCAACACTGTAATTTAGGACGACCTATTTAA
AGAAAATCAAATGTTTGTATAAAGAGAAGTTTATATAACCTTTTTATTTTCTAAATCACC
CAGCATGCATTGCTCATTTGCTATATTTTCCATGTAAAGCAGAAGCTAAAGTTACGGCGT
GTCCAAGTGAAATCTCCTCTCATGGTTTGTTTAAAGGCCATCAACTTTTTTATTTGGAGC
ATTTTGAAGTTGCTGGTTAGAAAAATGGATGCTAGAAGAGAAATTTCAAATAGACTTACT
TAACATAAATTCTCAATCTGGTTTTTACATTTCCCAATACGTGGCTTTTGAGAATGTCAT
ATGTCAAAACTGACAAGAATGAGAGAATAGCAAAAAAAAACTTCAATGGAAGAGATCAAA
CTGACAAAACAATCAATTTTAGAATTCTTCAAGAGCTTTATCAATTTTTTCAGAAGTGTG
AAGTCACATTTCCTCTCATCTTCATCACAAGTCATCCTCAGAGCCTACACCACCACCTGC
TGATGGCAACATGCAGCTCAGTCACACTGCAAAAACAGGAAAAGAACACGAATCTTCAGA
AGAAAGTCACTGATAAGTAGTTGAATTATCTGTCCATTTTTACTTAACAAGAAATGTAAT
AATAATACATTAAAATCTAAACACAAAGAATTCCACACAAACATTCAAAACAGTAAAAAC
AAAATAAAAATTAACTTCTGGACAGAATAACTTTAAATTGAATGTTATACAGCCTAATAA
GTATTTTTCGCTAGTTTAAATCAAACTGGTTTGTATATTTTTTTAATGTACTTAATTGAA
GTTAATTTTGATAACAGTTACAAAAACTAGTCTCAGTACAAAGTGGCCCAACATAACAGA
TTCTAATAGAATCAAACACCAGCACTTATTCTTAGAACATAAATGTACATTTTTGATGAA
TGACAATGAAAGCCAGTTTAACTTGTCAACATTTATTGAACTTTAAATAACATCCCTAAA
ATGTAACCAAAAATTCAAGCACACTTTGAATTTTTTTGGTCTTAAATCAATCAAAATATT
TTTGTCAAGAGTATGAAGCAAACAGATTTAGACTCATTTTAATAATAATAATTTACTTAT
TTCTAGATCCTAGCTCTTAATGAGACAAACATTCTCGACTTTTTAGAGCAAAAAGAAGCT
AAAAACAACTTGGAACCTGGTAAAGGGATTCATGTATTCAATTTTCACACTATCCTGGTA
AAAAAAAAAGTGCATTTAACAGGGGAACGCCAATTTTGGGAGTGCGCCAAGCTAACGTCG
TTCAAAATCCACAACTTCCAATTTCAGCATTTTATACAAAGTAGCTACATGATGATGCCC
AAGGAGTTAGAAGGCGATTGATTTTTACTAAATTTGTTACTTGTACAAAACCTGGGTCGT
GGTTGTAGATTTAACCTGGCAGCATGTGTGTGACATTTTGTAAAGCTCGCTCCAACAAAA
GTCTTCATTTCCCACATCGTTGGAAAATTGCCAAATTTCACATCAAATGGCCGCCAAGCC
GTAGACTCATCCAATAATAAGTTAAAAACCTCTTTTAGACATCCCCGACACGTGTGTTTG
ATTTCCTTGGTGGATTTTGACCCATTGATTGAGCCTCAGAAGAGATTTTGGCCCCCGTTC
GTCTTTTATTTGGATGGTTTCTCCTGCTGTGATGTCAGAAAACTGATGCAAAGAAAAACT
GATGCAAAAAACTGGTTGGTGGAAAAATCCAAGAAAAGGTCACTTCAAGATCAACTTTCA
CACAATTAGACTGTGAAATCAATGAAGAAAAGGGATCCGCTTTCAAATTAAAAGCGTCCG
GACTATACCCTTATTTTCCAAACTGTTTTGCTTTTGATATGAGAACATTTAAAAATAGCT
TTACCCTGAATTCCTTCAATTTTTTCTTCACAGTTTTTATCTGAAATGAGCCATGACTTC
ATCAGGGTGGTTCATTTTTAGAGATCTATATGAATTTCTTTAAACCATGGTGGATTTTTA
TGTAGGAAAATCCCTTCACTGATATGCAGTGAAGGTCAGAAACATGACAATAATTACAGA
AAATACATTAAAATGCACAGTCTTTCCCTTTTAATCAACAAAAACATGGAAAACGGTGTC
ACTGCAGCAAAGTAAATGTTTCCTCTCTTTCCCAACGTGTCTCCATGGAAGCGCATGTCC
ACCAGGTGAAGGACAGCCTAGCCCAGCAATCCCATCAGCTCATACCTGCTGTGTTCACTA
ACACATGAGGTAAGCAAGCAGACAGCAGCAGGGCTCCAGTCTGTTGACTTGGCACTGCCT
GGCTGCACGCTCTTCCTGCCAGCAGATCCGCTGGTCTTTGATCTCTAATGGTCTTCCTCC
TCCTTCCTCCCCGTTTCGCTCGTCCTGCTGAGTCAACGTCTCCGGTTTGAAACGAAAGCG
AGCACGTTTCTGTCTCCAGGTCCCTGATGATGGCTGTGAAAGAAAAAAAGAAAAAAAAAG
AAGGCAAAATGAGGGAGTTAAATCAGGTTCAGCTCAAAGTGAAGGATAGACTGGATTTTA
AATTCCCAAGAAATGGTTGACAATTTTAAAACTCAAAAATGGATTTTGAAAACTTGAGGA
AAGTATTGGAAATCTAAAAAATAAAAATGTAAATTTGAAAAACAAATTAACATTAAAATT
TGCTAAATTAATTTGTAAATTAAAAAACATTATATTGTAAATTTGATAGAAATGTTAAAA
ATATAAGTTTAAATATTTGAAAAATAAAATTTTAAATAAAAATATGTATATTTGTTTAAA
CATTTATTGTTTTATTTAAAACCTGAAAGAAATATTGAAAATTTGCAAATGAAGAAAGTT
AGAAAATAAATATATTTTAATTCACATTTGGTAACATTTTTAGGTTAACTTTTTTCTTCT
TTAAAAGTTTCATGATTTCCTTCTAGTTTAAAATGAATTTATTTCAAATTTACAATAAAA
TGTCTACATTTCTTTTAAGTTTACCATTGAAGTTGAAAACGTTTTTCCTTTCCTGTTTTT
TTGTTTTTCAGTTTTACAATCTGGTTTTTTTGTTCACCTCAAGAATATCCTGATTTCATA
TGAAATGTGGAGCATTTATGGAGAAATGGAAGCCTGGTTAAATGAAGCAACAAACCGGAT
CCCATTTGTCATTAATGGTCTGAATGTGTGTCCAGCTCTGCCCGGTGCCTTCCAGGCGGC
GCTCCATGGAGTCCTGACGCTGAGCCGACTGGATGAAGCCGTCAGAGACACGATGCGGCG
TGGAGGATGCACCGCCAGCCGAGCCTCCTTTATAGGAGCTTGTTTGGGAGCACAGGTCAG
TTAATGCTGGTTGGCTTTGATGGCCTAAATCCTCAGAAATGGGCTGGTGGTGTAGTGGTC
AGTGGTCCAGCCTTACTTTTGTTTTATTGTAGAAGCGTTCCCAGTGGTCTTAGAATTAGG
ATTATGCCATTTTTAGGCAAAATCCAAAAAACCTGTGTCGTTTTCTGAATTGTGGTGGGG
ACCAGAGCAGTCCTGCCCCCTTTTCCCTCATCATTACTGGAGCTCCTAACCCAAATCCAG
CCCTGGAGGTCCACCCTCCTTCTGGTTTTCCAGAAAGCCTGCCTGGTCTGCTGCTGATTA
CCTGGATCAGGTGTATTTGGCCAATAAGGAGCTTGTTTGTTGGAAAACATGTTGGACACC
GGCCTTCGAGGCCTGGATTTGGACACCTCTCTTGCTAGCTTACAGTGGCAAATTTCTAAT
GAACTCCTGCCGCTCTGCAGAAACAATGTCCTAGAAAATGGCACAATTTTTTGCCTAAAA
ACGGCCTAATCATAATTAAAGACCATCCCTCTGAATACAAACCTATCCACTGTGGAAGAA
TTATGCAGGATGGAAGCTGTCTTTCCTGTAGATTTTTGCTTTTTCATTTTTAGTATTTGG
AAAGTGTTCCAGTTCATTTGCGCTAAAGACTCAGCATTTTTTGTTTTTTTTTTGCCTCAT
GTCTTTTTCAGAGCGGTCTTCAGGGAGTTCCGGAGTCGTGGAGGAAGAGGACGCTCAGAT
TCCCTCTCCTGTTGGAGCTGGCCAAAAGTGTGGTCAACAAGAGTCGAAGCGTGTAGTTCA
GCTCCCGCTGTGCCACAAACACAACAGGCCATGTTGCGTTCGCTTACAGGGACATGATCC
TCGCAGACTTTCCCGCTACAGATGGGTTTTTCTTTGGCAGCTGCAGCTAATGACAGCTTC
ATTCTAAAGCCATGTGCTGAATGAAACTTGAATCCTTTTGCTCTGTCAGAA
Chart Advanced